ポート番号を管理しないサービスごとに web.feature-auth.myapp.localhost のような URL が割り当てられ、再起動しても変わりません。内部のポート番号を意識する必要はありません。
エージェントから操作できるすべてのコマンドが --json に対応し、終了コードで失敗の種類を判別できます。minato skill install を実行すれば、エージェント向けの操作指針も配置されます。